目前，按照“資源整合、功能集成、政策疊加、優勢互補”的原則，昆明空港經濟區、昆明出口加工區、王家營陸港正積極對接，全力推進綜合保稅區建設。業內人士普遍認為，這是昆明物流業的一次大的整合和飛躍，綜合保稅區建成后將有效提升昆明物流業的競爭力。 
　　早在2008年就有專家提出建設保稅港區的大膽設想。中國區域經濟學會常務理事、云南財經大學經濟研究院原院長李淳燕曾表示：“建設昆明保稅港區是提高云南開放度、建設中國—東盟自由貿易區、建設國際化昆明的最佳選擇，有利于把云南的區位優勢轉化為經濟優勢。” 
　　此后，在《昆明市“十二五”現代物流業發展規劃》中，昆明市在關于建設國際空港物流基地的部分提出，要建設含保稅區、倉儲區、郵件速遞分揀區、海鮮及水產品服務區、流通區，將為昆明航空貨物運輸提供更加便捷的通道，使更多外向型貿易得以通過“保稅”的物流形式完成。至此，“保稅”物流作為一個強有力的物流支撐形勢與空港建設正式“牽手”。 
　　所謂保稅物流，特指在海關監管區域內，包括保稅區、保稅倉、海關監管倉等，從事倉儲、配送、運輸、流通加工、裝卸搬運、物流信息、方案設計等相關業務。在“保稅”狀態下，企業享受海關實行的“境內關外”制度以及其他稅收、外匯、通關方面的特殊政策。 
　　在鄰近空港經濟區的昆明出口加工區內，相關物流企業已經開展保稅物流業務。就在近期，昆明出口加工區內云南領航物流有限公司已通過保稅物流的方式，為云南昆鋼國際貿易有限公司運輸了一臺電子束熔化爐，為貨主減輕了近1000萬元的關稅資金壓力。這樣的實惠，將惠及更多企業。 
　　2010年，昆明市傳出消息，擬用空港經濟區的臨空經濟，以及王家營鐵路物流片區的陸港優勢，將昆明出口加工區、空港經濟區、王家營物流片區一并整合為昆明綜合保稅區。這預示著，“保稅”物流將對做大做強“空港”、“陸港”，擴大對外開放發揮更大的作用。 
　　根據規劃，昆明綜合保稅區選址于昆明長水國際機場東南側，北臨昆明長水國際機場南工作區，南臨新320國道，西臨新建水廠，東臨規劃空港3號路；總占地面積約2.13平方公里，采用封閉圍網進行管理；內設港口輔助作業區、海關檢查區、綜合管理服務區、保稅倉庫區、出口加工區和普通倉儲區，并設有獨立的物流專用通道。